Los programas impartidos en el colegio Juan Pablo II responden a los requerimientos del Ministerio de Educación en el área Científico – Humanista, apoyados con iniciativas propias como el programa de Inglés Intensivo, Mamás Tutoras y los programas Optimist y Snipe destinados al Primer Ciclo Básico. 

En materia de educación extraescolar, los alumnos del establecimiento pueden participar en actividades deportivas como fútbol, futbolito, tenis de mesa, ajedrez y básquetbol.