El Colegio Juan Pablo II cuenta con un edificio de 4.333 metros cuadrados, con 24 salas de clases, además de salas especiales para talleres de computación, arte, tecnología, música e idiomas y una biblioteca.

El colegio dispone de una multicancha y un amplio casino con las condiciones físicas y sanitarias óptimas para recibir a 400 alumnos en forma simultánea.
Los programas impartidos en el Colegio Juan Pablo II responden a los requerimientos del Ministerio de Educación en el área Científico – Humanista, apoyados con iniciativas propias como el programa de Inglés Intensivo, Mamás Tutoras y el reforzamiento de Comprensión Lectora en alumnos del Primer Ciclo Básico. Además, desde el año 2006 se incorporaron los programas Optimist y Snipe.